Март 1988 г. в соответствии с Постановлением руководства СССР образовано Научно - производственное объединение средств вычислительной техники (НПО СВТ), КБ ИТМ и ВТ выведено из состава ИТМ и ВТ им. С.А. Лебедева и преобразовано в СКБ ВТ, которое назначено головным предприятием НПО СВТ. В состав НПО СВТ включено 7 ведущих НИИ и 8 крупнейших заводов отрасли: ИТМ и ВТ им. С.А. Лебедева, НИИВК им. "М.А. Карцева", Загорский ЭМЗ, Московский завод САМ, Пензенские НИИВТ, заводы ВЭМ и ВТ, Кировские НИИСВТ и Приборостроительный завод, Волжское ПО ВТ, Костромской ЭМЗ, Новосибирский Институт ПС, Астраханский НИТИВУ, Ташкентский завод "Алгоритм". На заводах НПО СВТ производились МВК "Эльбрус-2", ЭВМ 40У6, машины ЕС ЭВМ, отечественные ПЭВМ, многочисленные товары народного потребления.

Ноябрь 1989 г. На базе СКБ ВТ создается Научно-исследовательский институт суперЭВМ в составе НПО СВТ на правах головной структурной единицы объединения. В НИИ вместе с заводами создавались перспективные суперЭВМ (МКП, "Эльбрус-3", М-14), ЭВМ других классов, разнообразные средства ВТ и товары народного потребления.

Август 1991 г. НПО СВТ расформировывается по решению Президента Российской Федерации, действующему для всех государственных объединений, но генеральный директор НИИсуперЭВМ остался неформальным авторитетным и влиятельным руководителем объединения (создается АО "НПО СВТ").

Институт активно проводит поиск возможностей эффективной работы в условиях рынка: выполняются десятки инициативных НИОКР по разработке продукции, которая может иметь выгодный сбыт; прорабатываются многочисленные варианты создания на базе предприятий НПО СВТ совместных предприятий с зарубежными партнерами; организуются подразделения по перепродаже продукции зарубежного и отечественного производства.

Декабрь 1992 г. НИИсуперЭВМ приватизируется и становится АООТ "НИИсуперЭВМ", впоследствии ОАО "НИИсуперЭВМ". Приватизируется большая часть предприятий бывшего НПО СВТ. Генеральный директор НИИсуперЭВМ становится также председателем Совета директоров крупного коммерческого Промрадтехбанка. Институт приобретает акции большого числа НИИ, заводов, новостроек; становится соучредителем ряда новых акционерных обществ.

ОАО "НИИ супер ЭВМ" стал победителем конкурса в 2002 году на проведение опытно-конструкторской работы "Разработка супер компьютеров и рабочих станций на основе сигнальных микропроцессоров", выполненной по заказу Минпромнауки России по ФЦП "Реформирование и развитие оборонно-промышленного комплекса (2002-2006)".

Научные труды сотрудников ОАО "НИИ супер ЭВМ", среди которых два заслуженных деятеля науки, два доктора наук и шесть кандидатов наук регулярно публикуются в научно-технических журналах и сборниках "Радиопромышленность", "Вопросы радиоэлектроники", "Компьюлог", "Современные технологии автоматизации" и других.